Ciudad de Santiago de Castro fue la capital de la provincia hasta el año 1784. en el año 1768 se funda la Villa y Fuerte Real de San Carlos de Chiloé y en el año 1784 pasa a ser sede de la Intendencia; el 4 de Julio de 1834 se la cambia el nombre de la ciudad por el de Ancud.

La división político administrativa durante la Colonia fue desarrollandánse según la creación nuevos poblados. Chile era una Gobernación, cuyo territorio se dividía en Provincias (Corregimientos), regidos por un Corregidor, que dependía del gobernador en lo militar, político y civil, y de la Real Audiencia en lo judicial, que conocía de las apelaciones contra sus sentencias.

Las Provincias se dividían en Distritos, regidas por un Teniente de Corregidor, con asiento en un curato o parroquia. En 1563, se segregó la Provincia de Tucumán, para anexarlo a la Audiencia de Charcas. Después del Desastre de Curalaba (1598), a principios del siglo XVII son despobladas, entre otras, las ciudades de Imperial (1600), Villarrica (1603), Valdivia y Osorno (1602), con lo cual desaparecen dichas provincias o corregimientos. Luego de ser refundada Valdivia, en 1645, pasa a depender directamente del Virreinato del Perú hasta 17.09.1740, fecha en la cual pasa a depender nuevamente de Chile.

En 1765, Chiloé pasa a depender del Virreinato del Perú, y en 1768 se funda San Carlos de Ancud, que será asiento del nuevo gobernador a partir de 1784 cuando Chiloé es elevado a Intendencia, dependiente del Virreinato del Perú.

Por R.C: de San Ildelfonso del 05.08.1783 se ordena la creación de Intendencias. En 1786, se aplica el sistema de Intendencias en Chile, creándose las Intendencias de Santiago y Concepción, las que serán regidas por un Gobernador Intendente, las que a su vez están divididas en Partidos, regidos por un Subdelegado Partidario, y éstos a su vez en distritos, a cargo de Tenientes de Subdelegado. Hacia finales del siglo XVIII, se refundó Osorno y pasó a integrar la Intendencia de Concepción. Así, las Intendencias de la Capitanía General de Chile eran dos: Santiago y Concepción. El Capitán General sería a su vez Intendente de la sección territorial de su recidencia y superintendente de las demás intendencias. Quedaron pendientes la creación de la Intendencia de Coquimno y incorporación de la provincia de Chiloé. Valdivia quedó sometida a la presidencia de Chile pero su gobernador, así como el de Valparaíso siguieron con nombramiento directo de Rey.

En 1811, el Primer Congreso Nacional crea una tercera provincia o intendencia (Coquimbo). En 1812, con los movimientos independistas, Valdivia nuevamente pasa a depender del Virreinato del Perú hasta su captura en 1821.

Según la Constitución de 1822, el Poder Ejecutivo lo servirá el Director Supremo, que tendrá el tratamiento de Excelencia Suprema, y honores de capitán general de Ejército. Se crea los Departamentos, Distritos y Cabildos, derogándose el sistema de intendencias. Los departamentos corresponden a los antiguos partidos y son regidos por un delegado directorial.Se derogan constitucionalmente las Intendencias, y los Partidos pasan a ser Departamentos. Se conservan los Distritos y Cabildos. Durante esta década hay varios cambios en la división político administrativa. En 1826, con las leyes federales, se crean 8 provincias. Finalmente la Constitución de 1828, vuelve a establecer estas 8 provincias.

Según la Constitución de 1823, el Poder Ejecutivo lo servirá el Supremo Director. El Estado se divide gradualmente en Gobiernos Departamentales, Delegaciones, Subdelegaciones, Prefecturas e Inspecciones. En cada Departamento habrá un solo Gobierno político y militar que nombrará el Director Supremo con acuerdo del Senado. Habrá Municipalidades (correspondientes a los antiguos Cabildos) en todas las Delegaciones, y también en las Subdelegaciones que se hallare por conveniente, compuestas de Regidores.

Las Leyes Federales de 1826 dividen el territorio nacional en Provincias. Para ellos se crean ocho provincias: Coquimbo (similar a la antigua intendencia de Coquimbo), Aconcagua, Santiago, Colchagua (estas tres últimas derivadas de la antigua provincia de Santiago), Maule, Concepción, Valdivia y Chiloé (estas cuatro derivadas a la antigua provincia de Concepción). El 18 de enero de 1826 la provincia de Chiloé se incorpora a Chile.

Según la Constitución de 1828, el Supremo Poder Ejecutivo será ejercido por el Presidente de la República de Chile. El gobierno y administración interior de las Provincias se ejercerá en cada una por la Asamblea Provincial y por el Intendente. La Asamblea Provincial se compondrá de miembros elegidos directamente por el pueblo y esta nombrará Senadores y propondrá en terna los nombramientos de Intendentes los que serán nombrados por el Poder Ejecutivo. En cada ciudad o villa que tenga Municipalidad habrá un Gobernador local. Su nombramiento se hará a pluralidad absoluta de sufragios por la Municipalidad. El nombramiento de las Municipalidades se hará directamente por el pueblo conforme a la ley de elecciones. Su número no podrá pasar de doce, ni bajar de siete. Su duración será por dos años.

Según la Constitución de 1833, el Presidente de la República de Chile administra el Estado, y es el Jefe Supremo de la Nación. El territorio de la República se divide en provincias, las provincias en departamentos, los departamentos en subdelegaciones y las subdelegaciones en distritos. El Gobierno superior de cada provincia corresponderá a un Intendente y el gobierno de cada departamento a un Gobernador , El Intendente de la provincia es también Gobernador del departamento en cuya capital resida. Las subdelegaciones son regidas por un subdelegado subordinado al Gobernador del departamento. Los distritos son regidos por un inspector bajo las órdenes del subdelegado. Habrá una Municipalidad en todas las capitales de departamento y en las demás poblaciones en que el Presidente de la República, oyendo a su Consejo de Estado, tuviere por conveniente establecerla. Las Municipalidades se compondrán del número de alcaldes y regidores que determine la ley con arreglo a la población del departamento, la elección de los regidores se hará por los ciudadanos en votación directa.