Era necesario que desde Chile se enviara una expedición por el mar con un ejército capaz de adentrarse en el corazón del país y derribar el sistema colonial del virreinato. La expedición debió ser financiada integralmente por el Gobierno chileno, ya que después de la emancipación, Argentina se debatía en una profunda anarquía política.
El General José de San Martín y Matorras decidió desobedecer una orden de su gobierno en el sentido de regresar con el Ejército de los Andes a su Patria y subordinó sus tropas a las autoridades chilenas para la empresa libertadora del Perú, en gestación. La Escuadra tuvo como misión escoltar el convoy con el Ejército Libertador en su travesía al objetivo y posteriormente, amparar con su presencia en el litoral enemigo, las operaciones en el frente terrestre.
El mando integral de la operación conjunta recayó en el General José de San Martín. El Almirante Lord Thomas Cochrane retuvo el mando de la Escuadra conformada por los siguientes buques: Fragata "O'Higgins", Comandante : Tomas Sackville Crosbie; Navío "San Martín", Comandante : Guillermo Wilkinson; Fragata "Lautaro", Comandante : Martín Jorge Guise; Corbeta "Independencia", Comandante : Robert Forster; Bergantín"Galvarino", Comandante : Juan Tooker Spry; Bergantín "Araucano", Comandante : Tomás Carter; Bergantín "Pueyrredón", Comandante : Guillermo Prunier y Goleta "Moctezuma", Comandante : Casey
José de San Martín y Matorras se embarcó en el navío de su nombre y el Almirante izó su insignia de mando a bordo de la "O'Higgins". En un esfuerzo bélico gigantesco, sin parangón en la historia del Pacífico. Las proyecciones continentales las definió O'Higgins al exclamar en el momento de la partida de los barcos: "De esas cuatro tablas penden los destinos de América".
El Ejército Libertador, de un total de 4.430 plazas, fue embarcado en 17 transportes, en su mayoría capturados al enemigo en los últimos tres años de lucha. El 20 de agosto de 1820, día de San Bernardo y de su cumpleaños, el Director Supremo de la Nación General Bernardo O'Higgins Riquelme, vio hacerse a la mar una poderosa Fuerza Naval de 25 navíos con 6.030 almas a bordo, rumbo al Perú.
El Virrey Pezuela había dispuesto con anterioridad el zarpe de una escuadrilla, conformada por las fragatas "Esmeralda" , "Prueba" y "Venganza", para interceptar al convoy. Estas desplegaron como piquete espía al bergantín norteamericano "Warrior". Aún cuando el desplazamiento rápido, resultó imposible evitar la dispersión del convoy, dadas las muy dispares características veleras en los 17 transportes. A la altura de Coquimbo, la "O'Higgins" capturó al "Warrior" y el 7 de septiembre, recalaba el grueso del convoy a Paracas, puerto de destino de la expedición. El desembarco del Ejército no presentó mayores dificultades, porque los 630 soldados realistas a cargo de la defensa se retiraron al interior sin combatir. Quedaron rezagadas el bergantín "Aguila" y la fragata "Santa Rosa" , la fragata "Hércules" y el bergantín "Galvarino" .
Para su protección, Lord Thomas Alexander Cochrane había destacado al bergantín "Araucano", que recaló el día 11 sin novedad, con el "Aguila" y 600 soldados. Posteriormente, el Almirante avistó velas en el horizonte y zarpó a investigar con 3 buques. Se trataba de las fragatas españolas "Esmeralda" y "Venganza", que los navíos chilenos persiguieron hasta las cercanías de El Callao. Temiendo que se tratara de un apetecido señuelo para distraerlo de su objetivo principal, Lord Thomas Alexander Cochrane decidió regresar a Paracas, donde se enteró de que esta operación permitió el arribo seguro de la fragata española "Santa Rosa" con 300 soldados. Finalmente, el 23 de septiembre recalaban el bergantín "Galvarino", la fragata "Hércules" y una goleta apresada. Había así llegado al objetivo la totalidad de la expedición
Los acontecimientos en tierra, llevaron a José de San Martín y Matorras a decidir el reembarque del Ejército para caer sobre Ancón, donde desembarcó el 30 de octubre. Previamente, Lord Thomas Alexander Cochrane había iniciado el bloqueo de El Callao con la fragata "O'Higgins" , la fragata "Lautaro" , corbeta "Independencia" y el bergantín "Araucano" . La inactividad siempre implícita en las operaciones de bloqueo, no era consecuente con el temperamento dinámico y audaz del Almirante. Urdió, entonces, una operación destinada a aterrorizar al enemigo con un ataque atrevido y resuelto que causara un profundo impacto en sus ánimos. Se propuso tomar la fragata "Esmeralda" al pie de las fortificaciones de El Callao.